有机燕麦收获是一项时间性较强的工作，一旦成熟，就应及时收获，否则燕麦就会自行脱落，造成丰产不丰收的结果。

一般在9月下旬至10月上旬收获，有机燕麦穗上部和穗下部的籽粒成熟不一致，在麦穗中上部籽粒进入蜡熟末期时，就应及时收获。蜡熟末期的表现：燕麦茎秆有韧性，而且不易折断，用手指甲掐麦粒，麦粒应有韧性，不易碎，此时就是适时收获时期。收获可人工收获或机械收获。

人工收获时，应将燕麦的地上部分用镰刀全部割除，进行连株收获;机械采收时应注意，行驶速度应保持在每小时6～8kin。

否则会造成收割机的损伤，而且还会造成燕麦漏采、倒伏等现象，严重影响产量。

种子贮藏库要求防水、防鼠、防虫、防火、干燥、通风，相对湿度不超过60% ，专人管理，定期检查。